Pemisahan tanah daratan Johor dengan Riau

Setelah penggulingan Sultan Mahmud IV Muzaffar oleh Belanda, bangsawan Bugis melantik sultan baru, Sultan Sulaiman II Badrul Alam Shah, Sultan "baru" bagi kerajaan Riau-Lingga didirikan atas sisa Empayar Johor.[12] Sultan Sulaiman menandatangani perjanjian dengan Belanda.[13] Dalam perjanjian tersebut baginda bersetuju untuk mengakui kedaulatan Belanda terhadap kerajaannya. Hanya dengan sebatang pena, dia memecahkan Empayar Johor menjadi 2 bahagian besar dan telah menyerah kedaulatan bahagian wilayah kekuasaannya kepada Belanda. Ini juga menandakan berakhirnya kesultanan Johor sebagai penerus Kesultanan Melaka. Pembahagian ini berlangsung tetap hingga ke hari ini sebagai sempadan Malaysia-Indonesia.

Johor dan Pahang

Selepas Sultan Mahmud Muzaffar digulingkan dan Sultan baru menyatakan wilayahnya yang baru sebagai berasingan dari Empayar Johor dahulu, itu mirip dengan seekor kambing disembelih dengan Sultan (sebagai badan) dan Riau-Lingga yang diwakili oleh kepala. Bendahara sekarang ini menjadi ketua besar kepada sisa-sisa Empayar Johor berperanan sebagai pelindung adat.[14] Temenggung Ibrahim dari Johor memahami situasi ini dan akan menandatangani perjanjian dengan Bendahara Tun Mutahir dari Pahang pada 1861.[15] Perjanjian itu mengakui wilayah Johor (darat), dimiliki oleh keturunan Temenggung dan keturunannya untuk memerintah, pengakuan perlindungan bersama antara Pahang dan Johor. Dengan penandatanganan perjanjian ini, sisa-sisa Empayar menjadi 2 negara merdeka, Johor dan Pahang.